A mensagem do sistema de arquivos não limpa tem uma explicação muito simples: o seu Windows não é desligado, mas hibernado. Você deve iniciar o Windows, desativar o comando de hibernação (executar o comando "powercfg -h off" em um prompt de comando elevado), encerrar o Windows, iniciar o Linux e ter 99.99% de certeza de que você não obterá mais a mensagem do sistema de arquivos. >
Não está claro na sua postagem o que você quer dizer com "Eu quero fazer o boot do Windows" - você está tentando inicializar o Windows e falhar? Basta remover o HDD do Linux e deixar apenas o Windows HDD no sistema e tentar assim. De qualquer forma, se você moveu o disco rígido do Windows de outro sistema, ele pode falhar na inicialização (e mesmo se ele inicializar, ele provavelmente perderá os drivers e / ou solicitará a reativação devido às alterações de hardware).
Você deve inicializar o HDD do Windows no sistema em que o Windows foi instalado. Depois de desativar a hibernação conforme as instruções acima e desligar do que você poderia mover o HDD para o sistema Linux, a fim de acessar arquivos dele (mas não inicializar o Windows a partir dele) do Linux.