Você pode limpar seu pendrive por Formato. Conecte-o à sua máquina Windows, vá para Meu Computador e, em seguida, clique com o botão direito do mouse em seu pendrive e selecione "Formatar".
Se você não gosta de formatação, você pode tentar apagar a partição no USB com o GParted e recriar a partição. Mas lembre-se de fazer backup.
Para reinstalar o GRUB:
-
Crie um novo Live CD do Ubuntu e inicialize a partir dele.
-
Instale boot-repair
usando estes comandos:
sudo add-apt-repository ppa:yannubuntu/boot-repair
sudo apt-get update
sudo apt-get install -y boot-repair
boot-repair
Clique em "Reparação recomendada". Isso irá reinstalar o GRUB no MBR do (s) disco (s) adequado (s).
Então reinicie.