Eu fiz algumas chaves USB inicializáveis para o Ubuntu com o Startup Disc Creator e sempre consegui criar espaço de armazenamento adicional. Quando você inicia o Startup Disc Creator e seleciona o USB que deseja tornar inicializável, você verá duas opções selecionáveis na parte inferior da janela. Itreads algo como:
Ao iniciar a partir desse disco, os documentos serão armazenados no espaço extra reservado ... (selecione essa opção). Você pode definir quanto desse espaço extra você deseja criar. Não selecione a opção abaixo:
Descartado no desligamento, a menos que seja armazenado em outro lugar.
De qualquer forma, o espaço na chave USB que não está ocupado com a imagem do sistema operacional e esse espaço extra ainda é utilizável para transferir dados, como se a chave USB fosse chave USB "normal" (quero dizer "não inicializável"). Mas se você iniciar a sessão ao vivo a partir desta chave e desejar salvar algo, ela será salva no espaço extra que você criou e não na parte não usada.