Supondo que você fez o backup de todos os dados importantes e o sdcard está montado em /dev/sdX
e todas as partições no sdcard foram desmontadas do seu sistema
sudo dd if=/dev/zero of=/dev/sdX bs=5M count=1
apagará as informações da partição da cabeça da unidade e o sistema agora "verá" a unidade como não particionada e, a partir dela, você poderá usar qualquer ferramenta que desejar para criar as novas partições e sistemas de arquivos desejados.