As preferências de Deja-dup devem estar disponíveis na linha de comando executando:
deja-dup-preferences
Também esta questão entra em como adicionar um item às configurações do sistema. Você pode usar
locate "deja-dup-preferences.desktop"
para ver se você tem um arquivo .desktop por aí para modificar isso.
Ou você pode simplesmente colocar o seguinte em um novo arquivo em "/usr/share/applications/deja-dup-preferences.desktop"
[Desktop Entry]
Version=1.0
X-Ubuntu-Gettext-Domain=deja-dup
Name=Backups
Comment=Change your backup settings
Icon=deja-dup
TryExec=deja-dup-preferences
Exec=deja-dup-preferences
StartupNotify=true
Type=Application
Categories=Settings;Utility;Archiving;GNOME;GTK;X-GNOME-SystemSettings;
NotShowIn=Unity;
# Translators: Add whatever keywords you want in your language, separated by semicolons
# These keywords are used when searching for applications in dashes, etc.
Keywords=déjà;deja;dup;
X-AppInstall-Ignore=true
Actions=BackUpNow;
[Desktop Action BackUpNow]
Name=Back Up
Exec=deja-dup --backup
Isso deve devolver o ícone de configurações do sistema depois de um novo login.