Bem, é uma grande questão, mas se você for sério em fazer uma distro, acho que não vai doer se você pegar o Linux From Scratch e seguir isso. É uma distro DIY na forma de um livro que fornece instruções passo a passo e você acaba com uma distro de trabalho. É muito útil entender todos os conceitos subjacentes de uma distribuição GNU + Linux.
Provavelmente seria mais fácil para você vender seus serviços para seus clientes e fornecer seu endurecimento resultante para o upstream do Ubuntu. Certamente muito mais barato para você, pois você não precisará manter tudo sozinho.