Esse problema é provavelmente decorrente do fato de você ter desinstalado o GNOME 3. Eu não sei qual versão do Ubuntu você está rodando, mas eu sei que na versão 12.10 o Ubuntu vem com uma versão mais antiga do Nautilus do que o GNOME mais recente versão.
Independentemente disso, você deve ter mudado as versões do Nautilus em algum lugar através da atualização e alguns arquivos importantes foram perdidos
Minha melhor recomendação sem entender completamente o sistema seria simplesmente remover e reinstalar o Nautilus.
Isso pode ser feito com os seguintes comandos:
sudo killall nautilus
- isso fará com que você mate o programa Nautilus antes de começar a trabalhar com ele.
sudo apt-get remove --purge nautilus
- isso removerá totalmente o Nautilus e qualquer arquivo de configuração residual.
sudo apt-get update
- isso garantirá que suas fontes sejam recentes.
sudo apt-get install nautilus
- isso irá instalar o Nautilus novamente.
Fontes: