Como você usa killall no final do seu script, você pode desanexar sua tarefa openvpn do terminal adicionando um &
:
#!/bin/bash
echo "ich logge mich jetzt beim VPN ein "
sudo openvpn /etc/openvpn/magicbox1.ovpn &
echo "warte auf den server"
sleep 5
echo "bin eingeloggt, hole jetzt die Daten"
sudo ncftpget -DD -T -R -v -u <username> -p <passwort> .8.0.1 /home/ /*
echo "Fertig, schließe jetzt den VPN"
sudo killall openvpn