Eu acho que "a margem, tabelas e imagens podem se mover um pouco" é uma definição muito strong de incompatibilidade. Desta forma, o MS Office não é compatível consigo mesmo: você pode abrir o mesmo documento em dois computadores diferentes usando a mesma versão do MS Office e obter dois resultados diferentes. Está menos relacionado a apresentações porque as apresentações em Power Point são mais como conjuntos de objetos com coordenadas dadas implícita ou explicitamente, mas mesmo em Power Point pode aparecer, por exemplo, outro slide vazio ou alguma outra discrepância.
A razão é óbvia, .doc é um "fluxo de texto" que tem o máximo de informações sobre cada parte possível, mas ainda assim algumas configurações padrão não incluídas no próprio documento podem ser importantes. Por exemplo, pelo menos em versões anteriores, o formato da página não foi incluído no arquivo .doc e, se dois computadores tiverem o Office com tamanhos de página padrão diferentes, por exemplo, Carta US e A4, eles vão processar o mesmo documento de forma diferente.
Para garantir esse tipo de compatibilidade, tudo deve ser compilado em PostScript ou PDF. Mas até mesmo o pdf pode parecer diferente em outro computador (no entanto, esses problemas são principalmente relacionados à fonte quando as fontes não estão incorporadas ao documento). Felizmente, o Acrobat Reader está disponível em todos os computadores e até permite mostrar apresentações em tela cheia, etc.
Desde que você perguntou sobre a própria experiência: para mim, a verdadeira questão é quando um programa não pode abrir o documento criado no outro, e eu acredito (e da minha própria experiência - pouco porque eu prefiro o TeX) são compatíveis com 99%. Exceto para VBA e macros - ainda há muitos problemas, embora o LibreOffice possua um modo compatível com VBA. O último problema que tive foi quando eu estava tentando modificar uma macro VBA usando o LibreOffice: ele executava a macro alterada lindamente, mas não salvava nenhuma mudança, e não mostrava nenhum erro quando eu a salvava ... Cuidado.