Eu não uso o Unity e tenho uma "barra de tarefas". Eu tenho alguns aplicativos que são executados na inicialização que iniciam a tela cheia e quando você minimiza eles ficam na barra de tarefas. Eu usei um programa chamado gDevilspie que tem uma opção para skip_tasklist (Remover a janela da lista de janelas) não tenho certeza se isso pode funcionar para o que você quer fazer, mas imaginei que daria as informações e deixaria que você tentasse.
Queda com isso é, se você quiser ver um deles você tem que parar gDevilspie ou ele só vai removê-lo novamente ... como a única coisa que eu fiz isso com tem um ícone de bandeja e se eu tentar mostrar a janela .. minimiza e esconde a entrada da barra de tarefas novamente ... Eu tenho que parar o programa para ver a janela novamente :( Este programa é bom se é algo que precisa ser executado o tempo todo, mas nenhuma interação precisa ser feita com isso ... e você só quer escondê-lo da vista como se estivesse sendo executado como um serviço em segundo plano ou algo assim.
Minha outra sugestão seria configurar vários espaços de trabalho e mover essas janelas para um dos desktops que não estão visíveis e alterá-lo para que eles não apareçam em todos os espaços de trabalho ... depois os "ocultos" em um não visível o espaço de trabalho não será mostrado em seu espaço de trabalho principal ... não tenho certeza se ele irá alterar a lista do Windows ... mas sim com o xubuntu.