Você pode verificar qual é o conector que o NetBeans está usando para se conectar ao MySQL? Pode ser o conector lento para o MySQL que pode estar causando a lentidão.
Você pode obter o conector MySQL mais recente em aqui
Além disso, quando você está se conectando ao MySQL a partir do Workbench, você está se conectando via SSH Tunnel, que é muito mais rápido.O Apache Derby é um banco de dados em memória, portanto, compará-lo para conectar-se ao MySQL a partir do NetBeans IDE não é muito relevante. Mas se você está se conectando ao Derby e MySQL do NetBeans através do driver JDBC, então é comparável ... muito provavelmente você precisa se concentrar no conector MySQL que está sendo usado no NetBeans IDE para conectar-se ao MySQL.
Quando estou me conectando ao MySQL a partir dos IDEs Java ... geralmente faço todas as operações DDL a partir do shell MySQL e apenas as operações DML que eu executo a partir do IDE Java (via programas Java).