Estou no Kubuntu 15.10 com o driver proprietário da Nvidia. Mas sempre que eu salvar as configurações da Nvidia, ele só salva temporariamente. Tudo é redefinido na próxima vez que eu abrir as configurações. Isso acontece com as configurações de resolução e as configurações de cores.
Você pode precisar garantir que o arquivo .confg que está sendo gravado tenha permissões corretas.
Tente executar as configurações de sua Nvidia como Root com o comando sudo ou alterando as permissões do arquivo para se adequar ao usuário que deseja acessar o arquivo.