Pelo que entendi, ele exclui o arquivo de hibernação para permitir a montagem da unidade ntfs. No entanto, se eu tiver o hibernate habilitado no Windows, o arquivo de hibernação será gerado novamente, permitindo que eu hiberne?
Sim.
E se eu desativar "Montar na inicialização" (, tag noauto), isso excluirá apenas o arquivo hiberfil.sys quando eu montar a unidade clicando nele em vez de fazê-lo a cada inicialização?
Sim.
Qual é a desvantagem disso?
Nenhum.