Pacotes PHP tem suporte para conexão com o servidor MSSQL. O suporte está incluído no pacote php5-sybase. No PHP 5.6 você ainda pode usar as funções obsoletas do MSSQL, mas eu recomendo que você use a extensão pdo_dblib (ela é compilada com a biblioteca freetds, mas pode ser usada para conectar ao servidor MSSQL) já que a extensão antiga foi descartada no PHP 7. / p>
Aqui está o link para a documentação: link e não se esqueça de usar o dblib como seu prefixo DSN como a extensão é compilada com FreeTDS no Ubuntu.
Os módulos adicionais não afetarão os módulos existentes. Se você instalar f.e. php5-pgsql não afetará o módulo MySQL existente, o mesmo acontece com o pdo-dblib. Apenas adicionará mais funções.