Você pode usar a paleta como cor da linha. Por exemplo, você pode atribuir uma das colunas (variáveis) à cor.
plot 'data.txt' u 1:2:3 w l lc palette
No exemplo acima, a coluna 3 servirá como entrada para a paleta definida.
Se as colunas forem uma nota correspondente às cores desejadas, você poderá fazê-lo manualmente, por exemplo,
set palette defined ( 0 "green", 1 "blue", 2 "red", 3 "orange" )
plot 'data.txt' u 1:2:(0), 'data.txt' u 1:3:(1), 'data.txt' u 1:4:(2), 'data.txt' u 1:5:(3),...
No exemplo acima, a primeira linha será verde, segunda azul, ...
Agora, você pode combinar os exemplos acima com todos os comandos do gnuplot.
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