Eu descobri uma solução e vou postar apenas no caso de alguém ter tido o mesmo problema. Eu encontrei a maior parte da resposta deste post Como posso alterar o fundo branco no gerenciador de arquivos? Mas eu tive que ir para /usr/share/themes/Numix/gtk-3.0/gtk.css. Em seguida, altere base_color para a cor do tema numix (# 2d2d2d). Espero que isso ajude.