Um colega e eu tivemos o mesmo problema depois que o apt-get atualizou os pacotes virtualbox-guest-utils e virtualbox-guest-x11 para a versão: 5.1.34-dfsg-0ubuntu1.16.04.2. Revertemos para a versão: 5.0.18-dfsg-2build1 e o problema desapareceu. Adicionamos o seguinte ao /etc/apt/ preferences para bloquear esta versão do pacote:
# Block the following package versions from being installed
Package: virtualbox-guest-x11
Pin: version 5.1.34-dfsg-0ubuntu1.16.04.2
Pin-Priority: -1
Package: virtualbox-guest-utils
Pin: version 5.1.34-dfsg-0ubuntu1.16.04.2
Pin-Priority: -1
Sistema: VirtualBox 5.2.8 no host do Windows 10, executando o Ubuntu 16.04 guest com o kernel 4.4.0-116-generic