O arquivo que ele reclama é um backup do gedit de TardisbrowserWindow.py (o ~ é usado no gedit para backups). Em caso afirmativo: exclua e tente empacotar novamente.
O erro sobre o empacotamento deve-se ao fato de você ter usado uma versão mais recente do python-distutils-extra do que os suportes de lançamento .
Isso pode corrigir:
sudo apt-get install python-distutils-extra=2.38-1