Você está certo sobre o problema que foi o Pulseaudio, mas que foi resolvido na versão 1.0 dele, que é o que o 11.10 está usando. A outra parte do problema é que você precisa da versão 1.1.12 do VLC para funcionar corretamente com a nova versão do Pulseaudio. Para fazer isso, adicione o seguinte PPA (que é o único que encontrei até agora com o 1.1.12):
sudo add-apt-repository ppa:n-muench/vlc
faça sudo apt-get update
para obter as novas atualizações. Depois disso, basta atualizar o VLC para o novo 1.1.12.
Testado hoje e todos os problemas relacionados à sincronização desapareceram. Deve ser mencionado que este é um PPA de uma fonte de terceiros. Então, se você gostaria de esperar para o Ubuntu atualizar o VLC oficialmente, você pode fazer isso. Para mim eu não vou passar por outra versão do Ubuntu com o problema de sincronização novamente.
INFO - link
UPDATE - Não há mais a necessidade de adicionar este PPA já que nos repositórios principais o VLC versão 1.1.12 foi adicionado. Após atualização de hoje para a versão 1.1.12 do VLC e usando o Ubuntu 11.10. A maioria dos problemas de sincronização, se não todos, desapareceram.
Os usuários precisam atualizar seu Ubuntu para as atualizações diárias mais recentes, que devem fornecer a versão mais recente do VLC (a versão 1.1.12). Já testei e todos os filmes que vi estão funcionando corretamente.