É um bug de tema. O painel está usando um fundo de imagem que não cabe na largura que você está tentando usar.
Você terá que alterar a imagem de segundo plano em: /usr/share/themes/<Your_Theme's_Name>/gtk-2.0/panel.png
Ou edite o arquivo gnome-panel.rc ( gksu gedit /usr/share/themes/<Your_Theme's_Name>/gtk-2.0/apps/gnome-panel.rc
) e coloque # antes da linha com
bg_pixmap[NORMAL] = "img/panel.png"