Eu uso o Gnome Encfs para criptografar uma pasta. Eu tenho isso definido para "Desmontar quando ocioso após 5 minutos". Se você abrir um arquivo dessa pasta e ele permanecer aberto em um programa, ele poderá ser salvo automaticamente após 5 minutos, deixando o arquivo descriptografado. Como evito isso? Isso aconteceu comigo uma vez, devido à minha ocasional ausência de espírito. Espero conseguir uma maneira técnica de mitigar isso.
Tente revogar a permissão de gravação para a pasta quando ela estiver não montada.
Se o seu programa for "inteligente" o suficiente para substituir as permissões de gravação, altere a propriedade da pasta para, por exemplo, raiz: raiz. Por exemplo, se você montar seu encfs em:
/home/user/directory
faça
sudo chown root:root /home/user/directory
sudo chmod 0700 /home/user/directory