Às vezes, abrir uma janela do Terminal e digitar o seguinte ajudará os sistemas a serem desligados e reinicializados novamente:
sudo update-grub
... insira a senha quando solicitado e tente desligar novamente.
.. ou ..
Instale o apmd indo ao terminal e digitando:
sudo apt-get install apmd
edite o seguinte arquivo:
sudo gedit /etc/modules
e adicione esta linha:
apm power_off=1
reinicie, escrevendo:
sudo reboot -f
e se isso ainda não funcionar, tente desligar usando:
sudo shutdown -r now
.. ou ..
sudo shutdown -h now