A maneira como faço isso é instalar o pacote nautilus-open-terminal
(e depois reiniciar o nautilus):
sudo apt-get install nautilus-open-terminal
killall nautilus
Em seguida, você pode clicar com o botão direito do mouse em uma pasta ou em um espaço vazio e terá a opção "Abrir no Terminal". Se você selecionar essa opção, um novo terminal será aberto com o diretório de trabalho definido para essa pasta.