Você pode usar um for loop :
for f in ./*.png; do convert "$f" -resize -background white -flatten "${f%.*}.jpg"; done
Isso funcionará em todos os arquivos com um nome terminando em .png no diretório atual. Cada um contorna o loop, o nome do arquivo correspondente é lido na variável $f ; Para massificar essas informações no nome do arquivo de saída, o comando acima usa a substituição de parâmetros .