Você deve verificar as permissões das pastas usadas como Document Root
em sua configuração. Normalmente, o apache usa o usuário www-data e você deve garantir que este usuário tenha as permissões necessárias.
Há um post muito legal sobre esse assunto aqui:
Supondo que você é o único que gerencia o servidor, este deve ser um bom ponto de partida.
% bl0ck_qu0te%chown -R eve contoso.com
chgrp -R www-data contoso.com
chmod -R 750 contoso.com
chmod g+s contoso.com
ls -l
drwxr-s--- 2 eve www-data 4096 Feb 5 22:52 contoso.com
% bl0ck_qu0te%
chmod g+w uploads
ls -l
drwxrws--- 2 eve www-data 4096 Feb 5 22:52 uploads
% bl0ck_qu0te%