Não, isso não afetará sua instalação do Ubuntu.
Instalei o Ubuntu 14.04.3 no meu notebook. Eu tinha selecionado três partições para o Ubuntu root (/), Swap e EFI. Outras sete partições foram selecionadas como " do not use this partition ". Depois de instalar o Ubuntu, eu preciso mudar o tamanho dessas sete partições. Eu os deletei e criei sete novas partições com discos (discos do GNOME). Isso afetará minha instalação do Ubuntu?