Não é assim que .deb
packages funciona. Eles contêm software pré-compilado, você não pode simplesmente criar um pacote deb com código-fonte. Eu tenho uma sugestão: por que você não faz um pacote .tar.gz contendo seu código-fonte e um script para compilá-lo? O script deve ficar assim:
#!/bin/bash
# here comes the code to compile your source code, like the usual. Change to fit your needs.
./configure
make
make install