Acho que encontrei a resposta. Eu entrei no modo de segurança e mudei o tema da interface do usuário e da sintaxe de um escuro para o escuro do Atom. Agora átomo funciona bem no Ubuntu Desktop. Se você quiser usar um tema escuro, você pode usar o Ubuntu-2D ou instalar o Ubuntu 14.04Lts. Lá funciona como um encanto.