Então, acho que descobri, embora não encontre nenhuma documentação sobre o apache ou modsecurity, o que explicaria por que ele não está funcionando como costumava ser. De qualquer forma, vou postar minha solução aqui caso alguém mais tenha o mesmo problema.
Configurar o sinalizador SecRuleEngine no arquivo modsecurity.conf agora sobrescreve todos os outros valores em hosts virtuais, portanto, tudo está ligado ou desligado. Configurá-lo aqui também parece ignorar os sinalizadores SecRuleRemoveById em hosts virtuais, o que é muito ruim.
Eu comentei o sinalizador do SecRuleEngine no modsecurity.conf, e estou configurando-o em uma pasta por pasta no meu arquivo hosts virtuais. Por exemplo:
<Directory ***>
<IfModule security2_module>
SecRuleRemoveById xxxxxx
SecRuleEngine On
</IfModule>
</Directory>
Isso parece estar funcionando para mim agora.