Experimente adicionar o Sleep ao seu script.
sleep 60
./home/minecraft/multicraft/bin/multicraft -v start
exit 0
OR
sleep 60
cd /home/minecraft/multicraft/bin/
sudo ./multicraft -v start
exit 0
OR
sleep 60
cd /home/minecraft/multicraft/bin/
sudo multicraft -v start
exit 0
Por favor, aumente o tempo de espera se o código acima não funcionar (se você é usuário root não precisa usar o sudo)
Possível duplicidade de "Aplicativos de inicialização" não funcionando