O Chromium é de código aberto e o Chrome é de código fechado:)
Uma lista das diferenças está disponível aqui: link
Note que, se isso não for suficiente para você, uma simples pesquisa no Google para o Chromium vs Chrome gera muitos resultados.
Quanto à substituição, você pode simplesmente excluir um dos dois com o apt ou o gerenciador de pacotes. No entanto, ouvi dizer que o Chrome perde velocidade sem o Chromium, por isso, no meu computador portátil, mantenho as duas instaladas, mas uso o Chrome. Assim, recomendo que você desinstale o Chrome se precisar desinstalar algo.