Reinstalar o VirtualBox do repositório de software não deve prejudicar a VM que você tem, embora a versão do VirtualBox disponível no Oracle (5.0.10) seja substancialmente mais nova que a do repositório de software (5.0.4). Eu acredito que o programa também verifica a ocasião para atualizações, embora eu não tenha executado o VB em um bom tempo.
Backups: sempre uma coisa boa. Faça isso com mais frequência. Você encontrará um diretório em sua área de origem, provavelmente com uma linha de nome virtualbox . Dentro deste diretório, você encontrará todos os tipos de subdiretórios, como suas máquinas virtuais. Essas são, na verdade, suas VMs e um backup adequado, para fazer o backup desses diretórios. Exportar o aparelho é bom, mas na minha experiência não funciona muito bem.