Você pode fazer isso usando sed e é uma questão muito básica sobre o que você está perguntando.
man sed
lhe dará a pista.
aqui é o comando completo para o que você está procurando:
sed -i '/^[A-Z][A-Z]/d' file
Sed verifica dentro de determinado arquivo e se houver mais de 1 maiúscula seqüencialmente, excluirá toda a linha.
Eu acho que isso é o que você pediu, caso contrário, pls reformular a questão e ser mais específico.