O desligamento através de gui e cli é semelhante, já que eles executam scripts pré-desligamento para fechar com segurança quaisquer programas em execução e desligar. O desligamento do Gui é executado através do serviço dbus e cli através das ferramentas padrão do Linux.
Pressionar o botão de desligar e manter pressionado fará com que a máquina seja desligada imediatamente sem fechar os programas, portanto, os dados podem ser perdidos.