Ao desligar os plug-ins do compiz, percebi que o crash compiz, e não a própria unidade. Então eu iniciei em um terminal uma nova instância do compiz: compiz --replace
que de alguma forma impedia a finalização da sessão quando o compiz travava.
No log de compiz que foi enviado para o terminal, vi o erro do arquivo ausente /usr/share/unity/icons/dash_bottom_right_corner.png
Assim que eu copiei para ele, dash_bottom_left_corner.png e reiniciei o compiz, ele parou de travar.
Eu acho que perdi esse arquivo quando várias vezes reiniciei meu notebook e o fsck-ed.