Até que a transferência de arquivos seja concluída, o arquivo estará em uso (aberto) pelo processo do Samba. Você pode testar isso por meio do comando fuser
. Então, seu comando de movimento seria algo como:
if [[ ! fuser /my/file ]]; then
mv /my/file /somewhere/else
fi
Isso só tentará mover o arquivo se o arquivo estiver fechado, o que significa que a transferência foi concluída.