Não tenho certeza sobre o que deu errado com o seu nautilus, mas se você realmente acha que você bagunçou seu gerenciador de arquivos, pode tentar desinstalar o seu nautilus completamente e reinstalá-lo. Para fazer isso, siga este
sudo apt-get purge nautilus
Isto irá desinstalar o seu nautilus e remover seus arquivos de configuração também
sudo apt-get autoremove
Isso removerá todas as dependências que foram instaladas automaticamente para satisfazer as dependências do pacote e não são mais necessárias.
sudo apt-get autoclean
Apenas para o caso de seu linux estar configurado para armazenar em cache o pacote recuperado
sudo apt-get install nautilus
Isto irá instalar o nautilus do repositório do Ubuntu novamente