Quando você inicializar o disco, você verá uma opção para onde instalar a nova versão do Ubuntu. Ele irá apresentar uma opção para onde você gostaria de instalar e informá-lo sobre o que vai acontecer. Uma das opções será sobrescrever a partição do ubuntu, outra será sobrescrever a partição do windows e, por fim, poderá apresentar uma opção para atualizar a partição do ubuntu.
escolha sabiamente. :)