Acabei de encontrar a solução para o meu problema.
Um arquivo compton.conf estava presente na pasta .config da conta de usuário normal. Este arquivo estava contendo parâmetros extras que estavam causando o problema. Porque a conta root não tem esse arquivo compton não estava usando.
backend = "glx";
paint-on-overlay = true;
glx-no-stencil = true;
glx-no-rebind-pixmap = true; <= removing this line solved my problem
vsync = "opengl-swc";