Eu encontrei a solução - lixo vazio. Eu verifiquei o lixo e vi que ele tem milhões de arquivos e ocupa 44G de espaço em disco. Eu esvazio meu lixo e o problema desapareceu. Então, o verdadeiro problema do porque o ubuntu demorou tanto tempo para entrar foi lixo cheio de arquivos pequenos e levou algum tempo para checá-los.