Eu tive um problema semelhante e resolvi a reinstalação do pacote shared-mime-info com
sudo apt-get install --reinstall shared-mime-info
Depois de executar sudo update-mime-database /usr/share/mime
meu gnome não reconhece mais nenhum tipo de arquivo. No Nautilus, todos os arquivos agora são text/plain type
e todos agora são abertos com o gedit por padrão. Gnome-commander faz o mesmo.
Eu acho que não é que as associações de arquivos são quebradas, mas sim o problema de reconhecimento de tipo de arquivo.
Tentou (não nessa ordem):
update-mime-database
várias vezes gnome-mime-data
~/.local/share/applications/*
Nada ajudou até agora.
Meu sistema:
Ubuntu 10.04 LTS (Lucid Lynx)
Gnome 2.30.2
Eu tive um problema semelhante e resolvi a reinstalação do pacote shared-mime-info com
sudo apt-get install --reinstall shared-mime-info