Não tem nada a ver com o seu SSD retendo algo da instalação antiga. Desde que você tenha formatado o disco, os dados utilizáveis nele estão perdidos. Pelo que obtenho, são os carregadores de inicialização antigos e suas entradas redundantes que você encontrou.
Primeiramente, anote em qual disco você inicializa em sua bios.
Em seguida, para corrigir o seu bootloader, você deve executar (a partir de uma instalação do Ubuntu),
sudo grub-install /dev/sda
sudo update-grub
substitua /dev/sda
pelo seu disco
Se você quiser remover o grub completamente com o gerenciador de inicialização do Windows, você deve executar o reparo de inicialização no Windows ou instalar o easybcd e criá-lo de lá