O seguinte comando:
sudo apt-get clean
irá deletar o conteúdo desses diretórios.
Em seguida, tente o comando novamente:
sudo apt-get update
Se você continuar a receber o erro, altere os espelhos e repita o processo novamente.
Como alternativa, você pode executar isso:
sudo rm -R /var/lib/apt/lists/* -vf
O sinalizador -R é recursivo, portanto, ele excluirá diretórios e arquivos.