Defina as variáveis de ambiente em ~/.profile (e fonte ~/.profile de ~/.xsession se você usar .xsession ). Dessa forma, eles estarão disponíveis em todos os lugares, porque eles serão definidos quando você fizer login.
~/.bash_env não é o local certo para variáveis de ambiente (apesar do nome). (Apesar de sua existência (que é $BASH_ENV , certo?) Eu ainda tenho que encontrar um bom uso para isso.)
Quando você executa o Emacs em um terminal, ele é um subprocesso do emulador de terminal. Não haveria razão para ter uma concha no meio.