ls / lista o conteúdo do diretório raiz. (Em outro lugar eu escrevi uma explicação dos vários significados da palavra root , que você pode ler aqui .)
Os arquivos que estão aparecendo na saída são de fato diretórios, como você pode verificar facilmente executando ls -p / . O -p flag fará com que ls acrescente uma barra a todos os diretórios listados, para que você possa diferenciá-los dos arquivos listados.
A fonte da confusão parece ser que você não entende o que é chamado de Linux Filesystem Hierarchy . Existem diretórios específicos em locais específicos, cada um com uma finalidade específica. Por exemplo, /etc (pronunciado "slash et-see") contém arquivos de configuração; você pode pensar no nome etc como um acrônimo para "configuração de texto editável".
Cada um dos diretórios na saída de ls / tem uma finalidade específica. O material de referência completo explicando isso pode ser encontrado aqui . Para uma cartilha decente na Hierarquia do Sistema de Arquivos do Linux, escrita para aqueles familiarizados com o Windows, tente aqui .
Ainda mais fundamental do que o propósito de todos esses diretórios é o conceito de que TODOS os arquivos e diretórios no Linux são parte de uma única "árvore" de diretório. Faça uma pesquisa de imagens do Google por "árvore de diretórios" se o termo "árvore" parecer confuso. Ao contrário do Windows onde você tem várias unidades (a unidade C :, a unidade D: e assim por diante), no Linux, as unidades montadas são amarradas ao resto da árvore de diretórios em um "ponto de montagem", que é apenas outro diretório.