Já tentou inicializar o drive USB no modo EUFI? Você já tentou definir o sinalizador de inicialização na unidade? Da mesma forma, não consegui fazer o clonezilla funcionar: (
Alguns dias atrás, mudei de um HDD normal para um SSD usando um livecd, gparted e boot-repair. Eu simplesmente copiei as partições e ajustei o UUID no fstab. Eu não suponho que isso seria uma solução viável para o seu problema?