Eu tive o mesmo problema. Se eu escolhi o iBus Pinyin, parece que aceitou apenas duas teclas para cada personagem. Então as teclas restantes foram criadas para criar outro personagem que eu não queria. Se eu escrevi hao o o entrou em um novo personagem.
Eu mudei para sunpinyin (que também veio com o iBus) e funcionou.
Eu também li que fcitx pode ser usado.