Você deve ser capaz de trabalhar bem, desde que a remoção da partição não quebre o grub. Se você quebrar o grub, você pode usar boot-repair de um live cd / usb para consertá-lo. Apenas certifique-se de formatar apenas a partição, não a exclua. Eu recomendaria o gparted, pois ele tem uma interface extremamente intuitiva.