No Ubuntu (e no Linux em geral), embora você seja o administrador da máquina, você não obtém as permissões de superusuário. Esse é um recurso de segurança, porque dessa maneira os programas executados não têm permissões para alterar o sistema ou instalar outros programas (mal-intencionados). Você pode solicitar essas permissões no terminal usando o sudo. Se você digitar sudo e que o comando que você quer executar este comando tem permissões de superusuário e se você executar um programa com o sudo, ele também receberá essas permissões. Você precisa ter cuidado com a execução de programas com o sudo, esses programas podem usar indevidamente essas permissões.
você pode excluir o diretório sem executar o nautilus como root, como sugerido pelo Miphix. Agora você usa o terminal. primeiro, vá para a pasta que contém a pasta que você deseja remover: cd /[path to folder] . Agora, se você executar ls para ver o conteúdo dessa pasta, ela deverá incluir a pasta que você deseja remover. Agora, execute sudo rm -rf [foldername] para removê-lo.
rm -rf não está isento de perigo, se você executar sudo rm -rf / , você excluirá todo o seu sistema de arquivos. Não tente isso em casa ^^.