Estes são locais especiais, conforme definido pelo freedesktop.org, e por isso é usado por muitos programas, não apenas nautilus. Eles serão usados por qualquer gerenciador de arquivos (golfinho, Thunar) e por aplicativos - o diretório Música por tocadores de música, Downloads por navegadores, Documentos por editores de texto, etc.
% bl0ck_qu0te%Há uma boa discussão no wiki do Arch, veja link